Что необходимо проверить:
Движение товаров, самая распространенная ошибка, что у заказчиков есть какие то обработки, которые меняют остатки и в моменте один остаток, потом другой.
Сопоставление номенклатуры, может быть к одному id привязаны 2 номенклатуры, по одной остаток один по другой второй. Остатки грузятся в ОЗОН опираясь на 2 поля, offerID и SKU:

Соответственно, нужно поставить ОТБОР, не поиск, именно ОТБОР, по данному полю и магазину.

И как мы видим, что offer id, одинаковый, нужно какое то из сопоставлений удалить или поменять offer id. Так же sku должны быть так же не повторяться.
Источник: исходная инструкция Google Docs. Содержание перенесено автоматически, проверьте корректность настроек по версии модуля UVmarket.